Allergenspesifikk immunterapi har veldokumentert effekt ved visse allergiske sykdommer. Til forskjell fra tidligere omtalt symptomlindrende behandling, påvirker denne behandlingsformen de immunologiske mekanismene som ligger til grunn for den allergiske reaksjonen. Dermed kan den gjøre allergikere mindre allergiske. 

Ved AIT reduserer mastcellers og basofile granulocytters evne til frigjøring av histamin og andre mediatorer ved allergen stimulering. I tillegg påvirkes IgE syntesen (langsiktig senkning av IgE nivå etter forbigående stigning).

Indikasjoner er alvorlig insektallergi og allergisk rhino konjunktivitt hvor allergensanering og symptomlindrende legemiddelbehandling ikke har tilfredstillende effekt. Aktuelle allergener for allergenspesifikk immunterapi er ekstrakter fra bi og vepsegift, gresspollen (timotei), øbjørkepollen, hund, katt og midd. Allergenspesifikk immunterapi mot muggsopp har en dårlig dokumentert effekt.

Allergenspesifikk immunterapi kan både skje ved repeterte injeksjoner av aktuelle allergenekstrakter (SCIT) og ved sublingvale tabletter (SLIT). SCIT er i typiske tilfeller delt i to faser: En oppdoseringsfase på 8 uker der pasienten får ukentlige injeksjoner med økende allergenmengder, og en vedlikeholdsfase der pasienten får injeksjoner med samme høye dose hver 8. uke. Total behandlingstid er 3 år for allergi mot pollen, dyr og midd og 5 år for insektallergi. SLIT foregår ved at pasienten legger en selvoppløselig tablett med allergenekstrakt under tungen og lar den ligge der til den er oppløst etter ca. 1 minutt. Det tas en tablett daglig i 3 år. SLIT er et alternativ ved terapiresistent allergi mot gress, bjørk og midd.

Indikasjonsstilling og oppdosering ved allergenspesifikk immunterapi krever spesiell allergologisk kompetanse som omfatter grundig anamnese og laboratoriediagnostikk. De behandlingsansvarlige skal også gi adekvat veiledning til allmennpraktikere som ev. gjennomfører vedlikeholdsbehandlingen. Effekt og varighet av behandlingen varierer individuelt. Forskning viser imidlertid at effekten er minst like god eller bedre enn symptomlindrende medikamenter, og effekten varer i måneder og/eller år etter avsluttet behandling.

Anafylaksiberedskap er obligat ved all allergenspesifikk immunterapi.