Ved sykdom i spiserøret (f.eks. strikturer, divertikler og hernier) eller ved tørre slimhinner kan tabletter og kapsler sette seg fast og gi økt risiko for lokal etsing og sårdannelser. Dette kan motvirkes ved at tabletter og kapsler tas sammen med rikelig drikke, ev. yoghurt eller grøt. Raskest og sikrest passasje ned i magesekken oppnås med overkroppen i vertikal stilling og slimhinnene fuktet med litt væske før tablettene svelges. Om mulig bør flytende preparater brukes. Dette gjelder særlig ved sengeleie og immobilisering, spesielt hos eldre. 

Stenoserende prosesser i pylorus, alvorlig gastroparese, atoniske tilstander og kvalme kan forsinke ventrikkeltømmingen og dermed legemiddelabsorpsjonen. Det samme gjelder under migreneanfall og ved fødsel, ved behandling med legemidler som har antikolinerg effekt (f.eks. trisykliske antidepressiva og antipsykotika) og særlig hos pasienter som får opioidanalgetika, f.eks. postoperativt og i terminalfasen av kreft. Effekten av de(t) inntatte legemiddel vil derved forsinkes, noe som bl.a. er av betydning ved akutte smertetilstander. 

En rekke kroniske sykdommer i tynntarmen, f.eks. cøliaki og Crohns sykdom, kan gi redusert legemiddelopptak. I prinsippet kan alle sykdommer som medfører diaré og/eller malabsorpsjon føre til minsket legemiddelabsorpsjon. Alle tilstander som gir ødem i tarmveggen, f.eks. hjerte- eller nyresvikt, kan også gjøre legemiddelabsorpsjonen mindre effektiv. Målbare endringer av klinisk betydning synes hyppigere enn tidligere antatt. Ved akutte tilstander bør viktige legemidler derfor gis parenteralt. 

Pasienter som har gjennomgått omfattende kirurgiske inngrep på mage-tarmkanalen kan få endret, ofte redusert, absorpsjonsevne, f.eks. etter ventrikkel-/tarmreseksjon eller bypass av deler av tynntarmen (adipositaskirurgi). Økt biologisk tilgjengelighet og økt effekt av midler med uttalt førstepassasjemetabolisme kan bli resultatet etter portocaval shuntoperasjon.