Soppinfeksjoner hos mennesker inndeles vanligvis i overflatiske og systemiske mykoser. Dermatofyttene angriper keratinholdig substans i hud, hår og negler og er dominerende som årsak til overflatiske mykoser. Pityrosporum ovale forårsaker pityriasis versicolor og flass. Ulike Candida-arter er årsak til > 95 % av systemiske mykoser i Norge. Aspergillus-arter og Cryptococcus neoformans er også klinisk viktige.
Sopp er i likhet med mennesker bygd opp av eukaryote celler, og det er derfor vanskelig å finne spesifikke målmolekyler i sopp. Hemming av proteinsyntese eller nukleinsyremetabolisme vil ofte føre til uakseptable bivirkninger. De fleste antimykotika påvirker oppbygningen av soppens cellemembran. Flere midler har et smalt terapeutisk vindu, men konsentrasjonsbestemmelse er vanligvis ikke tilgjengelig. Candida albicans er generelt følsom for de fleste antimykotika, men andre sopparter (både gjærsopp og muggsopp) kan ha iboende resistensegenskaper som begrenser de terapeutiske mulighetene. Ved alvorlige infeksjoner eller behandlingssvikt er det derfor viktig å identifisere agens, og behandlingen er vanligvis en spesialistoppgave.
Behandlingen av mykoser tar ofte lang tid. Dette øker faren for bivirkninger, legemiddelinteraksjoner og resistensutvikling. Den langvarige behandlingen gjør det viktig å velge riktig strategi i behandlingsopplegget. Midler som kan ha effekt ved systemiske mykoser bør i størst mulig grad være forbeholdt disse tilstandene.